John Jesus Flanagan – amerykański lekkoatleta pochodzenia irlandzkiego, specjalista rzutu młotem, trzykrotny mistrz olimpijski.
Wychował się w Irlandii. Przed emigracją do Stanów Zjednoczonych w 1896 zdobył w tym roku mistrzostwo Wielkiej Brytanii w rzucie młotem, a w 1895 ustanowił pierwszy ze swych licznych rekordów świata w tej konkurencji.
Jako reprezentant USA wziął udział w igrzyskach olimpijskich w 1900 w Paryżu, gdzie zdobył złoty medal w rzucie młotem, a w rzucie dyskiem zajął 7. miejsce. Wcześniej w tym roku po raz drugi zdobył mistrzostwo Wlk. Brytanii w rzucie młotem. W 1903 rozpoczął pracę w policji nowojorskiej.
Na igrzyskach olimpijskich w 1904 w Saint Louis obronił tytuł mistrzowski w rzucie młotem, a ponadto zdobył srebrny medal w rzucie 56-funtowym ciężarem, a w rzucie dyskiem zajął 4. miejsce. Po raz trzeci został mistrzem w rzucie młotem na igrzyskach olimpijskich w 1908 w Londynie. Poprawił wówczas swój rekord życiowy na 51,92 m. W rzucie dyskiem zajął 9. miejsce, a w przeciąganiu liny drużyna USA z jego udziałem zajęła 5. miejsce.
Flanagan 14-krotnie w latach 1895-1909 poprawiał najlepszy na świecie wynik w rzucie młotem . Był mistrzem USA w rzucie młotem w latach 1897-1999, 1901, 1902, 1906 i 1907, a w rzucie 56-funtowym ciężarem w 1899, 1901, 1904 i 1906-1908. 24 lipca 1909 po raz ostatni poprawił rekord świata rzutem na odległość 56,18 m. Liczył wówczas 41 lat.
W 1910 wystąpił z policji nowojorskiej, ponieważ rozwiązano jego oddział. Powrócił w 1911 do Irlandii i tam zmarł.
